本局局長一人、副局長二人和主任秘書一人，下設行政科、保安科、法制科、訓練科、後勤科、防治科、鑑識科、外事科、資訊科、公共關係科、祕書科、督察科、保防科、人事室、政風室及會計室等16科室、勤務指揮中心及民防管制中心2個中心、刑事警察大隊、交通警察隊、婦幼警察隊、少年警察隊及保安警察隊等5個直屬隊，共計23個單位，外設南投、草屯、中興、埔里、竹山、集集、信義及仁愛等8個分局，並於分局下設90個分駐（派出）所。  

• 5個直屬隊下設組別：

　　保安警察隊下設特殊任務處理小組；交通警察隊下設第一組、第二組、第三組；刑事警察大隊下設第一組、第二組、偵查第一隊、偵查第二隊、偵查第三隊、科技犯罪偵查隊；少年警察隊下設第一組、第二組；婦幼警察隊下設第一組、第二組。

• 8個分局下設分駐（派出）所：

　　南投分局下設1個分駐所、7個派出所；草屯分局下設1個分駐所、8個派出所；中興分局下設4個派出所；埔里分局下設1個分駐所、11個派出所；竹山分局下設1個分駐所、13個派出所；集集分局下設2個分駐所、9個派出所；信義分局下設11個派出所、3個檢查所；仁愛分局下設21個派出所、1個檢查所 。